مقدس بودن مسجد به این دلیل است که بنای مسجد و بازسازی آن به امر و دستور مستقیم امام زمان(عج) صورت گرفته است، باید توجه داشت که برای ساخت این مسجد، امام زمان(عج) زمین مردم را تصرف نکردند، بلکه طبق روایات از زمان امیرالمؤمنین(ع) مسجد بوده، ولی در آن زمان مالکان زمین‌های مجاور آن را غصب کرده و به زمین‌های کشاورزی خود اضافه کرده بودند، با این وجود یکی از شبهاتی که پیرامون اصل بنای مسجد جمکران مطرح می‌‌شود این است که این داستان در عالم خواب اتفاق افتاده است و نمی‌تواند قابل استناد باشد، به همین منظور پاسخ این شبهه در ادامه می‌آید:

*امر تأسیس مسجد مقدس جمکران در بیدارى بوده است

حجت‌الاسلام عباس ابراهیمی معاون فرهنگی مسجد مقدس جمکران در گفت‌وگو با فارس با بیان اینکه امام زمان(عج) در فرمانی که به حسن بن مثله می‌دهد از عموم مردم برای حضور در این مکان دعوت کرده است، می‌گوید: آنچه مسلم است، اینکه مسجد، بیش از یک هزار سال پیش به فرمان امام عصر(عج) در بیدارى و نه در خواب تأسیس شده و در طول قرون گذشته، پناهگاه شیعیان و پایگاه منتظران بوده است.

وی با اشاره به اینکه علمای معاصر آن زمان به روایت این واقعه پرداخته‌اند، می‌افزاید: وقتی از آیت‌‌الله العظمی بروجردی استاد امام خمینی(ره) سؤال کردند که نمازهای مسجد مقدس جمکران را می‌توانیم به قصد ورود بخوانیم-قصد ورود یک اصطلاح فقهی است، یعنی یقین داریم این عبادت با این ویژگی‌ها از ناحیه معصوم به ما رسیده است، اگر یقین نباشد، تعبیر قصد رجا دارند- آیت‌الله بروجردی با آن همه دقت رجالی و فقهی که دارند، در پاسخ فرمودند: به قصد ورود بخوانید.

ابراهیمی درباره مستندات خود در این رابطه ابراز می‌دارد: نخستین کسی که این مطالب را در کتاب خود آورده، ابن بابویه مشهور به شیخ صدوق است که وی مشروح آن را در کتاب «مونس الحزین فی معرفة الحق والیقین» درج کرده است، با توجه به اینکه تأسیس این مسجد در عصر شیخ صدوق واقع شده و ایشان در قم زندگی می‌کرد، طبعاً همه جزئیات آن را بدون واسطه از حسن بن مثله و سیدابوالحسن الرضا و دیگر شاهدان عینی، شنیده و نقل کرده است، هر چند که کتاب مونس الحزین، همانند ده‌ها اثر گرانبهای دیگر شیخ صدوق، در طول زمان، از بین رفته و به دست ما نرسیده است.

وی می‌گوید: حسن بن محمد بن حسن قمی معاصر شیخ صدوق صاحب کتاب گرانسنگ «تاریخ قم»، شرح آن واقعه را از کتاب شیخ صدوق نقل کرده که این کتاب در سال 378 هجری در 20 باب به رشته تحریر درآمده است.

*روایتی از دستور امام زمان(عج) برای ساخت مسجدی در جمکران

معاون فرهنگی مسجد مقدس جمکران در ادامه به نقل رویداد «تأسیس مسجد مقدس جمکران» پرداخت که در پی می‌آید:

شیخ عفیف صالح حسن بن مثله جمکرانی می‌گوید: شب سه‌شنبه 17 ماه مبارک رمضان 373 هجری در سراى خود خفته بودم که جماعتى به درِ سراى من آمدند. نصفى از شب گذشته بود، مرا بیدار کردند و گفتند: «برخیز و امر امام محمد مهدى صاحب الزمان(عج) را اجابت کن که تو را مى‌خواند».

حسن بن مثله مى‌گوید: من، برخاستم و آماده شدم، چون به در سرا رسیدم، جماعتى از بزرگان را دیدم. سلام کردم. جواب دادند و خوش آمد گفتند و مرا به آن جایگاه که اکنون مسجد(مقدس جمکران) است، آوردند.

چون نیک نگاه کردم، دیدم تختى نهاده و فرشى نیکو بر آن تخت گسترده و بالش‌هاى نیکو نهاده و جوانى سى ساله بر روى تخت بر چهار بالش تکیه کرده، پیرمردى در مقابل او نشسته، کتابى در دست گرفته، بر آن جوان مى‌خواند.

بیش از ۶۰ مرد که برخى جامه سفید و برخى جامه سبز بر تن داشتند، برگرد او روى زمین نماز مى‌خواندند، آن پیرمرد -که حضرت خضر(ع) بود- مرا نشاند و حضرت امام (عج) مرا به اسم خواند و فرمود: «برو به حسن بن مسلم بگو: تو، چند سال است که این زمین را عمارت مى‌کنى و ما خراب مى‌کنیم. پنج سال زراعت کردى و امسال دیگر باره شروع کردی، عمارت می‌کنی، رخصت نیست که تو دیگر در این زمین زراعت کنی، باید هر چه از این زمین منفعت برده‌ای، برگردانی تا در این موضع مسجد بنا کنند. به حسن بن مسلم بگو: اینجا، زمین شریفی است و حق تعالی این زمین را از زمین‌های دیگر برگزیده و شریف کرده است، تو آن را گرفته به زمین خود ملحق کرده‌ای! خداوند، دو پسر جوان از تو گرفت و هنوز هم متنبّه نشده‌ای! اگر از این کار بر حذر نشوی، نقمت خداوند، از ناحیه‌ای که گمان نمی‌بری بر تو فرو می‌ریزد.»

حسن بن مثله عرض کرد: سید و مولای من! مرا در این باره، نشانی لازم است؛ زیرا مردم سخن مرا بدون نشانه و دلیل نمی‌پذیرند.

امام (عج) فرمود: تو برو رسالت خود را انجام بده، ما در اینجا علامتی می‌گذاریم که گواه گفتار تو باشد. برو به نزد سیدابوالحسن و بگو تا برخیزد و بیاید و آن مرد را بیاورد و منفعت چند ساله را از او بگیرد و به دیگران دهد تا بنای مسجد بنهند و باقی وجوه را از رهق به ناحیه اردهال که ملک ما است، بیاورد و مسجد را تمام کند و نصفِ رهق را بر این مسجد وقف کردیم که هر ساله وجوه آن را بیاورند و صرف عمارت مسجد کنند.

مردم را بگو تا به این موضع رغبت کنند و عزیز بدارند و چهار رکعت نماز در اینجا بگذارند: دو رکعت تحیّت مسجد، در هر رکعتی، یک بار «سوره حمد» و هفت بار سوره «قل هو الله احد» (بخوانند) و تسبیح رکوع و سجود را، هفت بار بگویند.

و دو رکعت نماز صاحب الزمان بگذارند، بر این نسق که در (هنگام خواندن سوره) حمد چون به «ایاک نعبد و ایاک نستعین» برسند، آن را 100 بار بگویند و بعد از آن، فاتحه را تا آخر بخوانند. رکعت دوم را نیز به همین طریق انجام دهند. تسبیح رکوع و سجود را نیز هفت بار بگویند. هنگامی که نماز تمام شد، تهلیل -لاإله‌الاّ الله- بگویند و تسبیح فاطمه زهرا(س) را بگویند. آنگاه سر بر سجده نهاده، 100 بار صلوات بر پیغمبر و آلش بفرستند.

و این نقل، از لفظ مبارک امام(عج) است که فرمود: «فَمَنْ صلاّهما، فکأنّما صلّی فی البیت العتیق»؛ هرکس، این دو رکعت (یا این دو نماز) را بخواند، گویی در خانه کعبه آن را خوانده است.

حسن بن مثله می‌گوید: در دل خود گفتم که تو اینجا را یک زمین عادی خیال می‌کنی، اینجا مسجد حضرت صاحب الزمان(عج) است، پس آن حضرت به من اشاره کردند که برو! چون مقداری راه پیمودم، بار دیگر مرا صدا کردند و فرمودند: «در گله جعفر کاشانی چوپان بزی است، باید آن بز را بخری. اگر مردم پولش را دادند، با پول آن خریداری کن و گرنه پولش را خودت پرداخت کن. فردا شب آن بز را بیاور و در این موضع ذبح کن،آنگاه روز چهارشنبه 18 ماه مبارک رمضان، گوشت آن بز را بر بیماران و کسانی که مرض صعب‌العلاج دارند، انفاق کن که حق تعالی همه را شفا دهد، آن بز، ابلق است، موهای بسیار دارد. هفت نشان سفید و سیاه، هر یکی به اندازه یک درهم، در دو طرف آن است که سه نشان در یک طرف و چهار نشان در طرف دیگر آن است... .

بنابراین این واقعه یک واقعه تاریخی است و در تاریخ ثبت شده و در اسناد قدیمی، در تاریخ قم و در کتاب شیخ صدوق از علمای بزرگ قم و در کتاب مونس‌الحزین این روایت آمده است و بعد از آن نیز در کتاب‌های علمای دیگر این واقعه آمده و سند معتبری دارد، علاوه بر این مسجد مقدس جمکران همواره مورد توجه علما و مراجع قدیم و معاصر بوده است، مرحوم شیخ بهایی از علمای قرن 11، مرحوم فیض کاشانی و پسرش علم‌الهدی و تعداد زیادی از علمای گذشته به این مکان مشرف شده‌اند.